Pour la gestion de la TVA, vous pouvez déclarer les différents taux de TVA dans WooCommerce comme expliqué ici : https://woofrance.fr/guide-utilisateur-woocommerce/2-options-et-parametrage-de-woocommerce/options-des-taxes-tva/

Vous pourrez alors vous rendre dans les réglages de WC Accounting : WooCommerce > Setting > Accounting > Taxes and delivery options pour définir le numéro de compte spécifique à chaque taux de TVA.

La procédure est identique si vous désirez établir des comptes différents correspondant aux différents types de livraison que vous proposez.